Samostatná Katedra přírodopisu a základů zemědělské výroby vznikla v roce 1958 a existovala přibližně do roku 1974, kdy byla v rámci tzv. profilace pedagogických fakult její činnost tlumena a posléze ukončena. Prvním vedoucím katedry byl doc. RNDr. B. Bayer, který byl v dalších letech vystřídán prof. RNDr. E. Hadačem, odb. as. J. Smolou, odb. as. K. Šteflem a RNDr. O. Malánem, CSc. V roce 1958 přichází na katedru RNDr. J. Roubal, v roce 1960 R. Jehličková, v 1964 Ing. J. Jůza, v 1965 A. Pyšek a V. Fiala, krátce zde působí i M. Bareš. V dalších letech zde působil i J. Podlena a Ing. J. Hec i někteří další. V této době se vytváří bohaté mineralogické a petrografické sbírky katedry, knihovní fond, budují se laboratoře pro výuku. Katedra je postupně vybavována mikroskopickou a další laboratorní technikou. Prostorově je situována v 1. patře na Klatovské 51. V této době byl velký důraz kladen na pěstitelství a základy zemědělské výroby. K těmto účelům katedra získává pronájem zahrady v Samaritánské ulici na Borech, kterou postupně buduje a kterou katedra dodnes využívá. Katedra v této době zajišťuje přípravu učitelů 6. 9. třídu základních škol a podílí se na výuce pro studující učitelství 1. stupně ZŠ. Katedra v prvních téměř dvaceti letech existence vydala několik odborných sborníků. Významná je práce A. Pyška, který za pomoci studentů diplomantů cílevědomě sledoval změny ruderální a městské flóry v Plzni a zakložil později proslulou a i v zahraničí uznávanou Plzeňskou ruderální školu. Významné práce z uhelné geologie publikoval i O. Malán. J. Smola v těchto letech uveřejnil řadu příspěvků věnovaných lišejníkům. Slibný rozvoj katedry byl ukončen v polovině sedmdesátých let jako důsledek politických rozhodnutí a koncepce tzv. profilace pedagogických fakult. Biologie, na rozdíl od chemie a geografie, v Plzni postupně, přibližně v roce 1977 končí. Někteří pracovníci odešli mimo fakultu, jiní (Ing. J. Hec, PaedDr. J. Smola, PaedDr. J. Podlena) na FPE zůstali na katedrách 1. stupně ZŠ nebo v akademických funkcích. V roce 1986 došlo k obnovení činnosti oddělení biologie na tehdy společné Katedře chemie a biologie. Vedoucím tehdejší katedry chemie a biologie byl doc. RNDr. M. Kraitr, CSc.Do prvního ročníku od září 1986 nastoupili převážně studenti, kteří nebyli přijati na jiné obory a kterým tehdy jediná kombinace biologie-chemie učitelství VVP (všeobecně vzdělávacích předmětů pro 2. st. základní školy a střední školy) byla nabídnuta jako alternativa studia. Vedením oddělení byl pověřen Ing. J. Hec, CSc. Spolu s ním od roku 1986 zajišťovali výuku doc. PaedDr. J. Smola, CSc (tehdy studijní proděkan), PaedDr. J. Podlena (tehdy vedoucí kádrového oddělení), doc. PhDr. M. Kantor, CSc. a PaedDr. L. Podroužek, CSc. V roce 1987 na katedru přišel RNDr. M. Mergl, o rok později Ing. A. Veverka. K výrazným externím spolupracovníkům od samého začátku katedry patřil RNDr. J. Cais, který s KBI spolupracoval do konce devadesátých let. Katedra byla v těchto letech umístěna na Klatovské třídě v 1. patře a měla k dispozici jedinou posluchárnu. K technickému vybavení patřily staré mikroskopy a několik zastaralých přístrojů pocházejících z doby před deseti lety z původní katedry. Problémy byli i s učebnicemi, neboť po dobu předcházejících deseti let nebyla knihovna z oboru biologie doplňována. Přesto se výuka a činnost oddělení v těchto prostorách rozběhla ročně s asi 20 studenty kombinace biologie chemie. Od roku 1989 získala katedra i nový prostor v budově na Chodském náměstí, ve které byly třídy základní školy. KBI patřila jediná místnost s malým přilehlým kabinetem. V těchto omezených podmínkách došlo k vybudování první laboratoře v místnosti CH 311 a v rámci možností byly doplňovány učební pomůcky, přístroje (prvními byly lampy k mikroskopům) a studijní knihovní fond. Uskutečnily se i první exkurze. První týdenní zoologická exkurze se uskutečnila v červnu 1988 do okolí Skryjí na Křivoklátsku. Komplexní exkurze v roce 1989 s ubytováním na v Hájku a PR Soos u Františkových Lázní se uskutečnila jen s několika studenty. V roce 1987 a zejména 1988 na katedru poprvé přišli studenti, kteří chtěli biologii studovat jako „svůj“ obor. K výrazným postavám mezi studenty tehdejších let patřily Z. Chocholoušková, F. Lederer, B. Mandák, T. Buldra, L. Smatana a mnozí další. V listopadu 1989 většina členů katedry jednoznačně stála za probíhajícími změnami. Podpisy některých členů oddělení biologie pod peticí na podporu pražských studentů byly jedny z prvních na Pedagogické fakultě. K 1. lednu 1990 se katedra biologie oddělila jako samostatná katedra. Vedoucím se stal Ing. J. Hec., CSc. Z prostor v 1. patře Klatovské třídy se přestěhovala na dva roky do přístavby nad knihovnou, odkud se až v roce 1992 dále přestěhovala do definitivních prostor na Chodském náměstí. V souvislosti se změnami na přelomu let 1989 a 1990 ve vedení Pedagogické fakulty se řádnými členy katedry stali PaedDr. J. Podlena a doc. PaedDr J. Smola, CSc.

Od roku 1990 došlo k dalšímu rozvoji katedry. Politické změny v roce 1989 umožnily návrat bývalých pracovníků v původní Katedry biologie. Vrátili se doc. RNDr. A. Pyšek, CSc., který zde obnovil Plzeňskou ruderální školu. Přišli i doc. Ing. J. Jůza, CSc., MUDr. M. Janeček a možnost opětného působení byla nabídnuta také prof. RNDr. Z. Malánovi, CSc. Až po odchodu některých z nich do důchodu v průběhu let devadesátých začali na katedru přicházet mladí pracovníci. V roce 1994 byla na katedru přijata Mgr. Z. Třeštíková (Chocholoušková), o rok později Mgr. F. Lederer, v dalších letech na katedru přišli Mgr. J. Michálek, Mgr. T. Buldra, Mgr. Tomáš Kučera a Mgr. K. Martínek. V té době s katedrou spolupracovala řada externích vyučujících, z nichž k významnějším patřil RNDr. J. Cais, RNDr. F. Němec, RNDr. A. Zeman, Mgr. N. Gutzerová, Mgr. P. Vohradská, Mgr. D. Merglová, Mgr. V. Pěnkavová, RNDr. I. Křížová, prom. fil. S. Holec, RNDr. J. Duras, PhD., doc. RNDr. J. Reischig, CSc. a další. Vedením katedry byl v roce 1993 pověřen a o rok později jmenován RNDr. M. Mergl, CSc. Významnou změnou bylo rozdělení přípravy učitelů na učitelství pro 2. stupeň ZŠ jako obor čtyřletý a učitelství pro střední školy jako obor pětiletý. Vznikly i další oborové kombinace biologie, s geografií a s tělesnou výchovou. Další změnou bylo zavedení kreditního systému, které souviselo se založením Západočeské univerzity v Plzni v roce 1991. S tím také souviselo přejmenování dosavadní Pedagogické fakulty na Fakultu pedagogickou a mnohé další změny, např. přesunutí jednotlivých administrativních pracovišť FPE do areálu na Zeleném trojúhelníku na Borech z původních prostor v Sedláčkově ulici v centru Plzně. Katedra biologie v devadesátých letech získala stálé prostory na Chodském náměstí. Původní kanceláře byly situovány do místností CH305 a CH306 a byla vybudována praktika CH309, postupně byla vybavena laboratoř CH309a . V roce 1999 byla s výstavbou nové přístavby v komplexu Chodské Klatovská vytvořena i laboratoř optické mikroskopie a kultivační algologická laboratoř. Pro potřeby výuky byly zakoupeny nové mikroskopy, nové binokulární lupy, významně se vylepšilo další přístrojové vybavení a obohatil se knihovní fond biologie v Knihovně FPE. Od poloviny devadesátých let se s rozbíhajícím se grantovým systémem ČR katedra významně zapojila do vědecké činnosti. Již v roce 1994 získala spoluúčast na projektu GAČR a od té doby vždy řešila projekty grantových agentur GAČR a GA AVČR. Rovněž významné zdroje pro rozvoj katedry poskytovaly prostředky projektů FRVŠ. Všechny tyto zdroje umožnily dovybavení katedry nezbytným technickým a materiálním zázemím potřebným k tomu, aby se stala uznávaným biologickým pracovištěm v Plzni. Stala se tak spolu s přírodovědným oddělením na Západočeském Muzeu v Plzni hlavními biologickými centry v regionu. Katedra kromě spolupráce na výzkumu se zahraničními pracovišti zajišťovala pro studenty i zahraniční exkurze pro studenty (Slovinsko 1995, Španělsko 1997). Standardní exkurzí pro studenty jsou od roku 1998 i exkurze na Pálavské vrchy na jižní Moravu. Zoologické a komplexní exkurze se v těchto letech konají ve výukovém středisku Rybník u Poběžovic a ve Žluticích. V roce 2001 bylo akreditační komisí rozhodnuto o odebrání přípravy učitelů pro střední školy pro Katedru biologie. Ve stejném roce tragicky zahynul RNDr. F. Lederer, Ph.D. a v důsledku této tragické události někteří pracovníci z katedry odešli.

S následky této pro KBI významné krize se katedra vyrovnávala obtížně a až v roce 2008 získala znovu akreditaci pro Učitelství biologie pro střední školy. Postupně sice došlo k dalším příchodům mladých pracovníků na katedru (Mgr. P. Zuber, Mgr. P. Prknová Volterová, Mgr. V. Volfová, Mgr. V. Kaufnerová, Mgr. M. Dolenská, Mgr. Z. Houdek), ale kvalifikační růst katedry se zpomalil. Na katedře začali působit prof. RNDr. J. Váňa, DrSc., doc. MUDr. J. Hlad, CSc., RNDr. R. Vacík a doc. RNDr. M. Korabečná, CSc. V roce 2001 přišla sekretářka paní L. Kraftová. Dosavadní studijní nestrukturovaný program Učitelství pro 2. st. ZŠ postupně skončil a byl nahrazován strukturovaným učitelským studiem. Bakalářský obor Biologie pro vzdělávání započal v roce 2005, o rok později se rozvinul i navazující program Učitelství pro 2. stupeň ZŠ. Významně se změnila celá koncepce výuky biologie. Rozšířila se nabídka předmětů garantovaných KBI a celkově došlo k posunu k vyšší odbornosti a náročnosti studia. V roce 2005 se přestěhovala do uvolněných prostor v přístavbě. Přesunutí kanceláří umožnilo vznik nových laboratoří: algologické laboratoře v CH305a a biologické laboratoře v CH305c. Vznikly botanické a zoologické sbírky v CH 306c a CH 306d a samostatný sklad chemikálií v CH 305b.Byla vytvořena i pracovna bakalářů a diplomantů v CH 306b a zasedací místnost katedry v CH 206a. Katedra získala novou kvalitní techniku pro výuku (PC techniku, digitální mikrofototechniku, fotopřístroje, dataprojektory aj.) i pro výzkum (fluorescenční mikroskop, měřicí a mnohé další přístroje). Postupně na katedře vznikly expozice pro výuku (od roku 1995 entomologická, později zoologická, mineralogicko-geologická a paleontologická expozice). Katedra v uplynulých letech získala granty GAČR a pokračovaly hlavní, pro KBI charakteristické směry výzkumu: sledování změn flóry a vegetace v Plzni, výzkum faun staršího paleozoika a sledování malakofauny v regionu. Kromě odborných prací se KBI podílela i na přípravě encyklopedických knih o Šumavě a Českém lese a četných popularizačních publikací. KBI se zapojila i do mezinárodních projektů (COMENIUS). V letech 2003 se uskutečnila exkurze do Slovinska, v roce 2005 na Korsiku, v letech 2005 a 2007 exkurze do Chorvatska. Každoročně se pro studenty konají exkurze do Českého Středohoří, do Českého krasu a na Pálavu. KBI lektorovala exkurze a kurzy pro Pedagogické centrum v Plzni. Rovněž lektorovala kurzy Univerzity třetího věku na ZČU.

Stejně jako na jiné obory, i na katedru biologie ve druhém desetiletí nového století dopadají nepříznivé vlivy ekonomické krize. Kombinace snižující se dotace na studenta, klesající limity počtu přijímaných studentů i hodnocení kvality pracovišť představují nepříjemný koktejl, který se projevuje i na chodu katedry. Katedra biologie zanikla k 31. 8. 2012 pouhou reorganizací; po odchodu katedry geografie na FEK zůstala fyzicko-geografická část katedry na FPE jako součást k 1. 9. 2012 nově vytvořeného Centra biologie, geografie a envigogiky. Vzniklo oddělení biologie a oddělení geografie. Vedoucím nově vzniklé CBG se zůstal doc. RNDr. M. Mergl, CSc., vedoucím oddělení geografie doc. RNDr. P. Mentlík, Ph.D. Katedra začala zajišťovat dva obory a to ve stávajících, dokonce redukovaných prostorách. Prostředky za publikační činnost začalyí tvořit podstatnou část rozpočtu, stejně jako prostředky přicházející z grantových projektů (GAČR, ESF). Projekty ESF umožnily přijetí několika, a to i zahraničních pracovníků, do postdoktorandské pozice, posílení výzkumu i rozšíření personálního obsazení CBG. Zásadními krok po roce 2015 je příklon k didaktickému výzkumu. Vznikla didaktická expozice v prostorách katedry a od roku 2017 se silně posílil didaktický výzkum v biologii a geografii. Významný byl 2018, kdy katedra obnovila přístrojové vybavení a laboratorní zázemí katedry, které podstatně zkvalitnilo možnosti obou zajišťovaných oborů. V personálním obsazení CBG se objevili noví pracovníci: Mgr. J. Kout, Ph.D., RNDr. I. Traxmandlová, Ph.D., RNDr. V. Stacke, Ph.D., RNDr. K. Vočadlová, Ph.D., Mgr. M. Pluháčková a dočasně i někteří další.